作为统一多民族国家，中国在历史上虽然有统一时期和割据时期，但交流交融是历史发展总趋势。新疆与祖国内地在漫长的历史发展中，唇齿相依，踵事增华，融入中华民族多元一体的大家庭中。

新疆地处祖国大西北，古称西域。汉朝将西域纳入版图，开启了新疆与内地一体化的历史进程。

新疆与祖国内地早在新石器时代就有着密切的经济文化联系。当代考古出土文物表明，新疆不同地区出土东南沿海的海贝、内地丝绸、铜镜和漆器等；同时，内地多处早期历史遗址发掘出大量新疆和田玉石。除了出土文物外，中国古代大量文献也表明内地与新疆的密切关系。例如，史籍《山海经》《竹书纪年》《穆天子传》《逸周书》及《史记》《汉书》等，都是把西域列为中华文明组成部分。

汉朝建立后，汉武帝派遣张骞两度出使西域，加强同西域乌孙等部族联系，获得西域政治、民族、社会、经济、交通、气候等方面第一手资料，为统一西域创造了条件。公元前60年，匈奴日逐王归降西汉，汉朝中央政府设置西域都护府，统辖天山南北及葱岭一带广大地区。西域都护府的设立，标志着新疆正式纳入祖国版图。汉朝中央政府除了直接向西域派遣官吏外，还册封西域各国国王和官吏，为其颁赐印绶。东汉时期，先是在西域设置西域都护府，公元123年设立西域长史府，替代西域都护府，直到东汉末年。东汉的“西域都护”和“西域长史”均是管辖天山南北的最高军政长官。

魏晋南北朝时期，继续沿袭东汉旧制治理西域。220年曹魏政权建立，在西域设置西域长史和戊己校尉，管理西域事务。魏王朝先后册封西域多个地方政权首领，例如，222年，册封车师后部王壹多杂为“守魏侍中，号大都尉”，“受魏王印”等。同时，西域各地方政权不断派遣使者到洛阳朝贡，据史料记载，龟兹、于阗、康居、乌孙、疏勒、月氏、鄯善和车师，均像汉代一样保持朝贡。西晋仍沿袭曹魏旧制，在楼兰设立西域长史府，管辖西域；在高昌设立戊己校尉，领导屯田戍守；同时，西晋继续册封西域鄯善、焉耆等地首领。

十六国时期，西域为河西凉州地方割据政权管辖。前凉、前秦、后凉、西凉和北凉先后统治着西域，以汉族为主体的高昌地区建高昌王国，实施郡县制，按照内地郡县制度管理。

隋唐以前，汉朝开辟西域治理基本体制并一直得到沿用；当然，魏晋南北朝时期也有所创新，开始引入郡县制治理西域。

隋唐时期，开辟治理西域新模式，管理西域更为广大的区域。581年，隋朝建立，统一全中国，结束了数百年分裂割据局面。7世纪初，隋朝在鄯善（今若羌）、且末（今且末县西南）、伊吾设郡；隋炀帝时，西域有34个地方政权到中原王朝朝贡，隋政府专门设立西域校尉，管理西域事务。

618年，唐朝建立后大力经营西域。630年后，唐朝在新疆东部陆续设置西伊州（后改为伊州）、西州和庭州，共辖12个县，县下设有乡、里，实施与内地一致的治理制度。640年，唐朝设置安西都护府，658年，改为安西大都护府，全面确立对西域的统治地位。703年，唐朝在天山以北设置北庭都护府，与安西都护府分治西域。709年，北庭都护府升格为北庭大都护府。安西都护府共辖22个都督府、118州，管辖着天山以南、葱岭以西广大地区；北庭都护府共辖23个都督府，管辖天山以北至巴尔喀什湖以东、以南广大地区。

与西域东部地区的州县制不同，唐朝对西域西部广大地区实行羁縻制度。这些府、州的都督、刺史均由部落原首领担任，可以沿用原来统治机构，按照其部落习惯统治所辖区域；其官位世袭，但必须接受唐中央政府册封。7世纪中叶后，唐朝设立龟兹、于阗、疏勒、碎叶四大军镇，即安西四镇，强化治理。

隋唐时期，特别是唐朝在西域建立起系统的管辖和治理机关，反映出这一时期对西域管辖和治理大大提升，在维护西域社会稳定和保障丝路安全畅通的同时，有力促进了新疆开发与经济发展。

五代与宋朝时期，内地先后建立后梁、后唐、后晋、后汉和后周五个割据政权，西域也出现多个互不统属的地方政权，主要有喀喇汗王朝、于阗李氏王国和高昌回鹘王国等，但均与内地保持密切关系。例如，李圣天自称为唐之宗属，对后晋保持朝贡关系，后晋册封李圣天为大宝于阗国王。五代时期，高昌回鹘王国多次派人到后周朝贡；宋朝时期高昌王、于阗王、喀喇汗王都曾遣使向宋朝进贡。

13世纪初叶，成吉思汗崛起后西征西域，灭西辽，统一天山南北。元朝建立后，加强对西部领土管辖，设立行尚书省、都护府、元帅府、宣慰司、西域卫亲军都指挥使司、提刑按察司、交钞提举司和交钞库等；还直接派官吏和军队，分封汗国、册封地方首领。在整个元代，西域地区一直深受中央重视，被置于和内地行省同样重要的地位。

1391年，明朝收复哈密。1406年，明朝中央政府在哈密设卫。明朝还册封和任命别失八里、亦力把里、吐鲁番和瓦剌等地割据政权首领，不断派官吏巡视西域各地，直接和间接地管理西域各地方政权。同时，西域各地方政权也不断向明朝中央政府称臣纳贡。

清王朝逐步实现新疆与内地政治制度一体化。1755年清朝平定时叛时降的准噶尔割据政权，1759年又平定大小和卓木叛乱，统一天山南北。此后，对新疆实行军府制统治，设伊犁将军于惠远，伊犁将军为统治新疆军政的最高官员。同时，清政府针对新疆不同地区，采用不同统治制度，分别在维吾尔族聚居的南疆实行伯克制度，但是废除伯克世袭制；在蒙古族和哈萨克族地区实行札萨克制度，在哈密等地实行郡县制。19世纪中叶，浩罕汗国乘新疆内乱之际入侵新疆，在喀什噶尔建立伪政权。1878年，在新疆各族人民的大力支持下，左宗棠率军迅速消灭阿古柏伪政权，收复新疆。新疆收复后，清政府顺应历史发展和现实治理的要求，于1884年在新疆正式建省，与内地政治完全一体化。

综上所述，新疆与祖国内地一体化是历史发展的必然，也充分说明新疆自古以来就是中国不可分割的一部分；在漫长的发展过程中，各民族人民患难与共，同舟共济，形成了维护国家统一，维护民族团结，反对外来侵略，反对分裂的光荣传统，结成了密不可分的命运共同体。